Jaskinia Szachownica położona jest na Wyżynie Krakowsko-Wieluńskiej, w Gminie Lipie, na terenie Załęczańskiego Parku Krajobrazowego. Podziemia znajdują się w szczytowej partii wzgórza zwanego Krzemienną Górą (około 227 m n.p.m.).

Powstanie jaskini związane było z intensywnym odprowadzaniem wód roztopowych na przedpolu lodowca. Pierwotnie system podziemny był znacznie dłuższy i stanowił całość. Dzisiejszą formę podziemi ukształtowała eksploatacja wapienia. Pozyskiwanie kamienia, spowodowało zniszczenie znacznej części korytarzy i rozczłonkowanie pierwotnie jednolitego systemu jaskiniowego. Rozcięcie wzgórza wyrobiskiem kamieniołomu spowodowało rozdzielenie jaskini na kilka części: Szachownica I (700m), Szachownica II (200m), oraz Szachownica III, Szachownica IV i Szachownica V; stanowiące niewielkie fragmenty systemu podziemi. Obecnie obiekt traktowany jest jako jeden system jaskiniowy o sumarycznej długości około 1000 m. Przestrzenne rozmieszczenie korytarzy jaskini nawiązuje do istniejących niegdyś systemów ciosu. Jest to widoczne szczególnie w partiach niezniszczonych podczas podziemnej eksploatacji wapieni. Korytarze w tej części mają charakterystyczne soczewkowe przekroje i cechują się prostolinijnym przebiegiem. Jaskinia powstała niespełna ok.11 tys. lat temu, stąd brak tutaj większych form naciekowych we wnętrzu obiektu.

Jaskinia Szachownica jest rozwinięta w wapieniach górnej jury (środkowego oksfordu). Większość ciągów podziemi powstała w wapieniach o charakterze wapieni uławiconych, cechujących się wyraźną płytową oddzielnością. Poszczególne ławice mają miąższość od kilkunastu do kilkudziesięciu centymetrów. Na nadwietrzałych powierzchniach wapieni widoczne są fragmenty gąbek, różnorodne struktury pochodzenia mikrobialnego oraz amonity. W wielu miejscach występują też konkrecyjne skupienia diagenetycznej krzemionki. Ponad wapieniami uławiconymi znajdują się wapienie skaliste, tworzące bezpośredni nadkład nad jaskinią. Wapienie górnej jury zalegają poziomo w skali całego wzgórza, jednakże lokalnie tworzą formy barchysynklin i brachyantyklin. W związku z tym, upady warstw lokalnie sięgają do 30°. Widoczne jest to bardzo dobrze w zachodnim otworze jaskini, gdzie warstwy są wychylone ku WNW pod kątem kilkunastu stopni.

Obszar objęty jest prawną ochroną przyrody w formie obszaru Natura 2000 oraz rezerwatu przyrody. Rezerwat przyrody „Szachownica” (o powierzchni 12,7 ha) ustanowiono Zarządzeniem Ministra Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego z dnia 11 października 1978 r. Obejmuje on zalesione wzgórze wapienne „Krzemienna Góra” wraz z obiektem jaskiniowym. Celem utworzenia rezerwatu było zachowanie proglacjalnej jaskini powstałej w wapieniach górnojurajskich oraz interesującego profilu geologicznego.

Odsłonięcie podczas eksploatacji kamieniołomu dostępu do rozległych korytarzy jaskini ułatwiło penetrację obiektu nietoperzom. Z upływem lat, ssaki te zaczęły regularnie wykorzystywać jaskinie jako schronienie zimowe. Ze względu na zimowanie na obszarze jaskini nietoperzy rezerwat „Szachownica” został włączony do sieci obszarów Natura 2000. Granice tego obszaru znajdują się na terenie oddziałów leśnych 85 i 92 Leśnictwa Wapiennik, Nadleśnictwa Kłobuck.